Мікробіальні ферменти (вегетаріанські ферменти) виробляють шляхом глибокої ферментації рослинного субстрату або ферментації не генетично модифікованих грибів Mucor miehei, Cryphonectria (Endothia) parasitica, Rhizomucor miehei. Також мікробіальні ферменти можуть виготовляти шляхом ферментації молочних дріжджів Kluveromyces lactis із спеціальних штамів молочних грибів. Ферменти мікробіального походження належать до категорії Кошерного продукту та Халяль.