Микробиальные ферменты (вегетарианские ферменты) производиться путем глубокой ферментации растительного субстрата или ферментации не генетически модифицированных грибов Mucor miehei, Cryphonectria (Endothia) parasitica, Rhizomucor miehei. Также микробиальные ферменты могут изготавливать путем ферментации молочных дрожжей Kluveromyces lactis из особых штаммов молочных грибов. Ферменты микробиального происхождения относяться к категории Кошерного продукта и Халяль.